DNA를 확보한 뒤에는 DNA와 그 product를 ‘확인’할 필요가 있다. 이때 중요한 것은 molecular cloning과 달리 DNA에 의해 생성되는 물질까지 함께 확인해야 한다는 것이다. 즉, 만들어진 DNA가 우리가 원하던 것이 맞는지를 확인해야 할 뿐만 아니라, 그 결과로 만들어진 RNA와 단백질이 맞는지도 확인해야 한다. 따라서 세 분자 각각에 대해 분석 실험이 존재한다.
분자를 분석하기에 앞서서 원하는 분자를 잘 분리해내야 한다. Cloning을 통해 얻어낸 ‘물’에는 우리가 원하는 분자만 있는 것이 아니다.